MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 chromosome

Total Repeats: 22292

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016844	TTTG	2	8	237	244	0 %	75 %	25 %	0 %	378974634
2	NC_016844	A	6	6	250	255	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
3	NC_016844	C	6	6	280	285	0 %	0 %	0 %	100 %	378974634
4	NC_016844	TACC	2	8	297	304	25 %	25 %	0 %	50 %	378974634
5	NC_016844	TTCC	2	8	329	336	0 %	50 %	0 %	50 %	378974634
6	NC_016844	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974634
7	NC_016844	GCT	2	6	421	426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974634
8	NC_016844	A	6	6	438	443	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
9	NC_016844	ACA	2	6	538	543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974634
10	NC_016844	A	9	9	628	636	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
11	NC_016844	CTT	2	6	658	663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
12	NC_016844	CATT	2	8	672	679	25 %	50 %	0 %	25 %	378974634
13	NC_016844	T	7	7	678	684	0 %	100 %	0 %	0 %	378974634
14	NC_016844	AAG	2	6	704	709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974634
15	NC_016844	A	9	9	742	750	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
16	NC_016844	TC	3	6	795	800	0 %	50 %	0 %	50 %	378974634
17	NC_016844	A	7	7	886	892	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
18	NC_016844	TGT	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974634
19	NC_016844	TTC	2	6	972	977	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
20	NC_016844	GATA	2	8	1047	1054	50 %	25 %	25 %	0 %	378974634
21	NC_016844	CT	3	6	1062	1067	0 %	50 %	0 %	50 %	378974634
22	NC_016844	TTC	2	6	1078	1083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
23	NC_016844	CT	3	6	1084	1089	0 %	50 %	0 %	50 %	378974634
24	NC_016844	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974634
25	NC_016844	GTT	2	6	1192	1197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974634
26	NC_016844	TC	3	6	1221	1226	0 %	50 %	0 %	50 %	378974634
27	NC_016844	ACT	2	6	1249	1254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974634
28	NC_016844	TGG	2	6	1272	1277	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974634
29	NC_016844	A	6	6	1310	1315	100 %	0 %	0 %	0 %	378974634
30	NC_016844	AAAGT	2	10	1370	1379	60 %	20 %	20 %	0 %	378974634
31	NC_016844	T	7	7	1483	1489	0 %	100 %	0 %	0 %	378974635
32	NC_016844	A	6	6	1494	1499	100 %	0 %	0 %	0 %	378974635
33	NC_016844	TTC	2	6	1506	1511	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974635
34	NC_016844	TG	3	6	1519	1524	0 %	50 %	50 %	0 %	378974635
35	NC_016844	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	378974635
36	NC_016844	TAT	2	6	1582	1587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974635
37	NC_016844	TAA	2	6	1621	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974635
38	NC_016844	GGA	2	6	1627	1632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974635
39	NC_016844	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	378974635
40	NC_016844	AAG	2	6	1660	1665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974635
41	NC_016844	AGCAC	2	10	1683	1692	40 %	0 %	20 %	40 %	378974635
42	NC_016844	A	8	8	1710	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	378974636
43	NC_016844	T	6	6	1726	1731	0 %	100 %	0 %	0 %	378974636
44	NC_016844	GCT	2	6	1746	1751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974636
45	NC_016844	T	6	6	1846	1851	0 %	100 %	0 %	0 %	378974636
46	NC_016844	TGT	2	6	1868	1873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
47	NC_016844	CAA	2	6	1885	1890	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974636
48	NC_016844	GAA	2	6	1914	1919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
49	NC_016844	CAAA	2	8	1939	1946	75 %	0 %	0 %	25 %	378974636
50	NC_016844	AGG	2	6	2009	2014	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974636
51	NC_016844	TC	3	6	2017	2022	0 %	50 %	0 %	50 %	378974636
52	NC_016844	AGA	2	6	2081	2086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
53	NC_016844	ATT	2	6	2139	2144	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974636
54	NC_016844	TA	3	6	2175	2180	50 %	50 %	0 %	0 %	378974636
55	NC_016844	A	7	7	2182	2188	100 %	0 %	0 %	0 %	378974636
56	NC_016844	GCA	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974636
57	NC_016844	T	8	8	2313	2320	0 %	100 %	0 %	0 %	378974636
58	NC_016844	TCT	2	6	2337	2342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974636
59	NC_016844	ATC	2	6	2389	2394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974636
60	NC_016844	GTT	2	6	2453	2458	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
61	NC_016844	TTA	2	6	2485	2490	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974636
62	NC_016844	CAG	2	6	2496	2501	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974636
63	NC_016844	TTG	2	6	2505	2510	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974636
64	NC_016844	GAA	2	6	2562	2567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
65	NC_016844	CTAT	2	8	2612	2619	25 %	50 %	0 %	25 %	378974636
66	NC_016844	GAA	2	6	2625	2630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974636
67	NC_016844	AGG	2	6	2653	2658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974636
68	NC_016844	CAT	2	6	2729	2734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974636
69	NC_016844	AT	3	6	2819	2824	50 %	50 %	0 %	0 %	378974637
70	NC_016844	T	8	8	2837	2844	0 %	100 %	0 %	0 %	378974637
71	NC_016844	TGC	2	6	2895	2900	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974637
72	NC_016844	CG	3	6	2952	2957	0 %	0 %	50 %	50 %	378974637
73	NC_016844	CA	3	6	3004	3009	50 %	0 %	0 %	50 %	378974637
74	NC_016844	A	6	6	3033	3038	100 %	0 %	0 %	0 %	378974637
75	NC_016844	A	7	7	3058	3064	100 %	0 %	0 %	0 %	378974637
76	NC_016844	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	378974637
77	NC_016844	CAG	2	6	3087	3092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974637
78	NC_016844	T	6	6	3109	3114	0 %	100 %	0 %	0 %	378974637
79	NC_016844	CTT	2	6	3159	3164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974637
80	NC_016844	AACAAA	2	12	3231	3242	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	378974637
81	NC_016844	AG	3	6	3247	3252	50 %	0 %	50 %	0 %	378974637
82	NC_016844	TAT	2	6	3373	3378	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974637
83	NC_016844	CTC	2	6	3435	3440	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378974637
84	NC_016844	GAG	2	6	3445	3450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974637
85	NC_016844	GGTT	2	8	3587	3594	0 %	50 %	50 %	0 %	378974637
86	NC_016844	GAT	2	6	3667	3672	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974637
87	NC_016844	ATG	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974637
88	NC_016844	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	378974637
89	NC_016844	AAT	2	6	3830	3835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974637
90	NC_016844	AT	3	6	3877	3882	50 %	50 %	0 %	0 %	378974638
91	NC_016844	GT	3	6	3929	3934	0 %	50 %	50 %	0 %	378974638
92	NC_016844	AAAG	2	8	4039	4046	75 %	0 %	25 %	0 %	378974638
93	NC_016844	CGT	2	6	4080	4085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974638
94	NC_016844	GTAC	2	8	4104	4111	25 %	25 %	25 %	25 %	378974638
95	NC_016844	GAA	2	6	4141	4146	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974638
96	NC_016844	GAA	2	6	4247	4252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974638
97	NC_016844	GAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
98	NC_016844	GGA	2	6	4558	4563	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
99	NC_016844	CGTC	2	8	4650	4657	0 %	25 %	25 %	50 %	378974639
100	NC_016844	TCAT	2	8	4707	4714	25 %	50 %	0 %	25 %	378974639
101	NC_016844	CGAAG	2	10	4771	4780	40 %	0 %	40 %	20 %	378974639
102	NC_016844	A	6	6	4816	4821	100 %	0 %	0 %	0 %	378974639
103	NC_016844	TTC	2	6	4875	4880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
104	NC_016844	TCT	2	6	4897	4902	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
105	NC_016844	TTG	2	6	5121	5126	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974639
106	NC_016844	ATT	2	6	5174	5179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
107	NC_016844	TAC	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
108	NC_016844	ACG	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378974639
109	NC_016844	GTA	2	6	5345	5350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974639
110	NC_016844	GTGC	2	8	5540	5547	0 %	25 %	50 %	25 %	378974639
111	NC_016844	ATC	2	6	5579	5584	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
112	NC_016844	TTTGAC	2	12	5642	5653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	378974639
113	NC_016844	GCAGGC	2	12	5659	5670	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	378974639
114	NC_016844	TCT	2	6	5756	5761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378974639
115	NC_016844	GGA	2	6	5764	5769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
116	NC_016844	TTAC	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	378974639
117	NC_016844	GTT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378974639
118	NC_016844	AAGA	2	8	5807	5814	75 %	0 %	25 %	0 %	378974639
119	NC_016844	GAT	2	6	5843	5848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974639
120	NC_016844	AGA	2	6	5893	5898	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
121	NC_016844	GGA	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974639
122	NC_016844	GGC	2	6	6019	6024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974639
123	NC_016844	TTA	2	6	6033	6038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
124	NC_016844	GGGC	2	8	6092	6099	0 %	0 %	75 %	25 %	378974639
125	NC_016844	GACG	2	8	6181	6188	25 %	0 %	50 %	25 %	378974639
126	NC_016844	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	378974639
127	NC_016844	TAA	2	6	6226	6231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378974639
128	NC_016844	ACT	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378974639
129	NC_016844	CG	3	6	6306	6311	0 %	0 %	50 %	50 %	378974639
130	NC_016844	TAT	2	6	6313	6318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
131	NC_016844	TTA	2	6	6390	6395	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378974639
132	NC_016844	GAGG	2	8	6427	6434	25 %	0 %	75 %	0 %	378974639
133	NC_016844	AAC	2	6	6522	6527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378974639
134	NC_016844	AGA	2	6	6615	6620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974639
135	NC_016844	AC	3	6	6624	6629	50 %	0 %	0 %	50 %	378974639
136	NC_016844	GTGTAT	2	12	6685	6696	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	378974639
137	NC_016844	GT	3	6	6728	6733	0 %	50 %	50 %	0 %	378974639
138	NC_016844	GTG	2	6	6753	6758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	378974639
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265	NC_016844	GCTC	2	8	15782	15789	0 %	25 %	25 %	50 %	378974644
266	NC_016844	AAG	2	6	15809	15814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974645
267	NC_016844	CTGCG	2	10	15900	15909	0 %	20 %	40 %	40 %	378974645
268	NC_016844	TG	3	6	15952	15957	0 %	50 %	50 %	0 %	378974645
269	NC_016844	TGC	2	6	16085	16090	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378974645
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271	NC_016844	GAG	2	6	16131	16136	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378974645
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273	NC_016844	GCG	2	6	16200	16205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974645
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275	NC_016844	GTAC	2	8	16310	16317	25 %	25 %	25 %	25 %	378974645
276	NC_016844	CG	3	6	16387	16392	0 %	0 %	50 %	50 %	378974645
277	NC_016844	GTA	2	6	16408	16413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378974645
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280	NC_016844	GCG	2	6	16485	16490	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378974645
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284	NC_016844	T	6	6	16595	16600	0 %	100 %	0 %	0 %	378974645
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301	NC_016844	CG	4	8	17521	17528	0 %	0 %	50 %	50 %	378974645
302	NC_016844	GAA	2	6	17617	17622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378974645
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392	NC_016844	AC	3	6	22429	22434	50 %	0 %	0 %	50 %	378974648
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